AstekHPC

Installation

آموزش نصب Gromacs

گرومکس ماشین گرونینگن برای شبیه‌سازی‌های شیمیایی (Groningen Machine for Chemical Simulations)

گرومکس یک مجموعه دینامیک مولکولی است که عمدتاً برای شبیه‌سازی پروتئین‌ها، چربی‌ها و اسیدهای نوکلئیک طراحی شده است.

در ابتدا در گروه شیمی فیزیک دانشگاه گرونینگن پایه‌گذاری شد و در حال حاضر توسط همکاران در دانشگاه‌ها و مراکز تحقیقاتی سراسر جهان در حال توسعه است. گرومکس یکی از سریع‌ترین و محبوب‌ترین بسته‌های نرم‌افزاری موجود است. این نرم‌افزار می‌تواند روی واحد پردازش مرکزی (CPU) و واحد پردازش گرافیکی (GPU)اجرا شود. گرومکس یک نرم‌افزار متن باز رایگان است که تحت مجوز عمومی همگانی گنو (GPL) منتشر شده است و شروع آن با نسخه ۴٫۶ تحت مجوز کمتر فراگیر همگانی گنو (LGPL)بوده است.

 

نصب Gromacs بر روی لینوکس

 1- آخرین نسخه کامپایلر C و C ++  خود را دریافت کنید.

yum install gcc gcc-gfortran gcc-c++ flex tcsh zlib-devel

 

2- بررسی نمایید که نسخه CMake ورژن 2.8.8 یا بالاتر را داشته باشید.

cmake --version

 

 

3- آخرین نسخه tar از نرم افزار GROMACS را دانلود کرده و اکسترکت نمایید.

tar xfz gromacs-5.1.tar.gz

 

4- وارد پوشه gromacs-5.1 شده و دستور cmake را نصب کنید :

cd gromacs-5.1

yum install cmake

 

5- یک پوشه جدید به نام build ایجاد کرده و وارد آن شوید :

mkdir build

cd build

 

6- اجرای cmake با مسیر به منبع به عنوان یک آرگومان (نیاز به vpn، زیرا سایت gromacs فیلتر شده است)

cmake .. -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON -DREGRESSIONTEST_DOWNLOAD=ON

 

7- make را اجرا کرده، چک کنید و سپس نصب نمایید :

Make

make check

sudo make install

 

8- اجرای اسکریپت GMXRC برای دسترسی به GROMACS

source /usr/local/gromacs/bin/GMXRC

نکته  : در صورت مواجه شدن با این باگ  https://redmine.gromacs.org/issues/2117 ، فولدر  share/top/oplsaa.ff را از ورژن 2016 با فولدر موجود جایگزین کنید.

Login
HPCLab Media

Site encyclopedia section

In this section, you will find articles and information you need.

Paper Categories
نرم افزار پایش کلاسترهای محاسباتی

این نرم افزار میزان استفاده از منابع محاسباتی و همچنین کار های در حال اجرا روی کلاستر را پایش میکند. به منظور نصب نسخه موبایل استک ابتدا JuiceSSH نصب شود.

Download More

PuTTY

PuTTY is a free and open-source terminal emulator, serial console and network file transfer application. It supports several network protocols, including SCP, SSH, Telnet, rlogin, and raw socket connection. It can also connect to a serial port.

Download More

Winscp

WinSCP is a free and open-source SFTP, FTP, WebDAV and SCP client for Microsoft Windows. Its main function is secure file transfer between a local and a remote computer.

Download More

VNC Viewer

VNC offers a deceptively simple service it allows you to view and control a remote system as though seated next to it, wherever you are.

Download More

NEWS

ابر رایانه واتسون جان زن مبتلا به سرطان را نجات داد

ابر رایانه واتسون (Watson) که محصولی از کمپانی IBM است، دقیق‌ترین تعریفی است که از قدرت هوش مصنوعی و یادگیری ماشینی می‌توانیم داشته باشیم. این کامپیوتر غول‌آسا بعد از برنده شدن در مسابقات تلویزیونی و پخت غذاهای عجیب و غریب، حالا توانسته است مهمترین کار تمام دوران خود را انجام دهد: نجات جان یک انسان!   ...

چین قدرتمندترین ابر کامپیوتر جهان را ساخت

یکی از نتایج توسعه تکنولوژی تولید کامپیوترهای بسیار قدرتمندی موسوم به سوپر کامپیوترها است که همواره نقشی حیاتی در پیشرفت علمی بشر داشته‌اند. امسال شاهد تولید بزرگ‌ترین سوپر کامپیوتر حال حاضر جهان توسط یک شرکت چینی با TaihuLight نام هستیم که توانسته با اختلافی بسیار زیاد از رقبا جایگاه نخست کنفرانس بین المللی ابرکامپیوترهای امسال را کسب کند.   ...

فوجيتسو و فروش يک ابر کامپيوتر 20 ترافلاپي به کانن

دیروز فوجیتسو اعلام کرد که یک دستگاه ابر کامپیوتر تجاری PRIMEHPC FX10 را به شرکت کانن فروخته است. فوجیتسو از معرفی رسمی این سری از سوپرکامپیوترها در سال 2011، چند عدد از آن‌ها را به اهالی صنعت فناوری فروخته است.   ...

درباره ما

بنیاد توسعه کاربردها رایانش سریع و ابری(High performance and Cloud Computing Development Foundation) به منظور طراحی، ساخت و گسترش کاربردهای رایانش سریع در علوم مختلف توسط جمعی از اساتید دانشگاه پیام نور استان یزد پایه گذاری شده است. این بنیاد به دنبال ایجاد بستری با ظرفیت محاسباتی و ذخیره سازی بالا مبتنی بر CPU و GPU می باشد تا بتواند از آن طریق سرویسهای متعددی را به متقاضیان آن ارائه نماید. خدمات این شرکت در حوزه های زیر ارائه می گردد :

  • رایانش سریع و ابری (HPC & Cloud Computing)
  • کلان داده و پردازش داده های حجیم (Big Data Analysis)
  • طراحی و پیاده سازی کلاسترهای محاسباتی مبتنی بر Linux
  • طراحی و اجرای پروژه های انبار داده Data Warehouse
  • مجازی سازی و اجرای شبکه های مبتنی بر نرم افزار (Software Defined Network)